23/10/2026
Giữa tháng 10, khi cơ quan hải quan ban hành văn bản hướng dẫn nghiệp vụ gửi Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) nhằm tháo gỡ các vướng mắc về hoàn thuế đối với hàng nhập khẩu đưa vào sản xuất hàng xuất khẩu, thông điệp đáng lưu ý không chỉ nằm ở việc tái khẳng định quyền lợi của doanh nghiệp — vốn đã được quy định cụ thể trong luật — mà nằm ở một nguyên tắc mang tính then chốt: việc sản phẩm đã thực tế rời khỏi biên giới quốc gia không thay thế được yêu cầu phải chứng minh đầy đủ điều kiện pháp lý và căn cứ định lượng để hoàn thuế.
Đối với các doanh nghiệp chế biến nông, thủy sản và doanh nghiệp dệt may theo loại hình sản xuất xuất khẩu (SXXK), quyền đề nghị hoàn thuế nhập khẩu nguyên liệu được xác lập tại điểm d khoản 1 Điều 19 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13. Theo đó, người nộp thuế đã thực hiện nộp thuế nhập khẩu đối với hàng hóa phục vụ sản xuất, kinh doanh nhưng sau đó đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã hoàn tất việc xuất khẩu sản phẩm thì thuộc diện được xem xét hoàn thuế. Tuy nhiên, quyền lợi này gắn liền với một chuỗi điều kiện kỹ thuật khắt khe, và chính chuỗi mắt xích này là nơi phát sinh nhiều vướng mắc nhất.
Căn cứ Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP và Thông tư 86/2026/TT-BTC), lượng nguyên liệu, vật tư được chấp thuận hoàn thuế phải là lượng thực tế đã đưa vào cấu thành sản phẩm đã xuất khẩu; sản phẩm đó phải đăng ký tờ khai hải quan theo đúng mã loại hình SXXK; đồng thời doanh nghiệp có nghĩa vụ lập bảng kê chi tiết sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ những tờ khai nhập khẩu tương ứng đi cùng định mức sử dụng thực tế (thông qua Mẫu số 15, Phụ lục I Thông tư 86/2026/TT-BTC). Điều này đồng nghĩa với việc số tiền hoàn thuế không phụ thuộc vào sản lượng xuất khẩu danh nghĩa, mà phụ thuộc vào năng lực chứng minh cụ thể từng đơn vị nguyên liệu nhập khẩu đã được phân bổ vào lô thành phẩm nào và đã xuất đi thị trường nào.
Khi định mức tiêu hao trên hồ sơ đề nghị hoàn thuế không có sự đồng nhất với số liệu xuất - nhập - tồn thực tế tại xưởng và sổ sách kế toán, bộ hồ sơ sẽ bị chuyển từ diện "Hoàn thuế trước, kiểm tra sau" sang diện "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau". Tại phân luồng này, cơ quan hải quan có thời hạn xử lý lên tới 40 ngày làm việc kể từ thời điểm tiếp nhận đủ hồ sơ hợp lệ. Nhiều trường hợp hồ sơ bị từ chối tiếp nhận chỉ vì khâu khai báo tờ khai xuất khẩu ban đầu ghi sai mã loại hình chuyên ngành, khiến khoản tiền thuế của doanh nghiệp bị ứ đọng kéo dài trong ngân sách, làm suy giảm dòng vốn lưu động.
Cần phân biệt cơ chế miễn thuế đối với nguyên liệu nhập khẩu phục vụ sản xuất xuất khẩu đáp ứng điều kiện pháp luật với cơ chế hoàn thuế đối với hàng nhập khẩu đã nộp thuế nhưng sau đó được sử dụng để sản xuất sản phẩm thực tế xuất khẩu. Hai trường hợp có điều kiện áp dụng và yêu cầu quản lý hồ sơ khác nhau.
Phương pháp xử lý điểm nghẽn này không bắt đầu từ thời điểm nộp bộ hồ sơ hoàn thuế, mà phải được chuẩn hóa từ sớm tại khâu quản trị. Trong các nghiệp vụ tư vấn cho doanh nghiệp SXXK ngành thủy sản và dệt may, U&I Logistics tiếp cận bài toán thông qua quy trình đối soát:
A12 hay E31), xác lập đúng diện được hoàn thuế hoặc miễn thuế theo quy định hiện hành.
Khi hệ thống chứng từ được thiết lập trên nền tảng dữ liệu đồng bộ, các khâu nghiệp vụ tiếp theo — bao gồm phân loại hồ sơ, dẫn chiếu đối ứng tờ khai nhập - xuất trên hệ thống VNACCS và giải trình trong giai đoạn kiểm tra chuyên ngành — trở nên chuẩn xác, thay vì phải xử lý bị động các yêu cầu giải trình phát sinh.
Một bộ hồ sơ nhất quán ngay từ đầu sẽ hạn chế tối đa nguy cơ bị kéo dài thời gian kiểm tra, giúp dòng vốn hoàn thuế được giải tỏa về tài khoản doanh nghiệp đúng kế hoạch thay vì bị đóng băng qua nhiều kỳ tài chính.
Đối với những phân ngành như chế biến thủy sản và may mặc xuất khẩu — nơi chi phí vốn vay ngắn hạn ảnh hưởng trực tiếp đến năng lực cạnh tranh — dòng tiền hoàn thuế nhập khẩu cần được định vị như một nguồn vốn lưu động có thể hoạch định và quản trị định kỳ. Doanh nghiệp tiếp cận hoàn thuế như một thủ tục giấy tờ hành chính xử lý theo thời vụ sẽ tiếp tục đối mặt với rủi ro chậm trễ nguồn tiền; ngược lại, doanh nghiệp xây dựng được năng lực vận hành liên kết giữa định mức kỹ thuật nhà xưởng, dữ liệu kho vận và tờ khai hải quan sẽ chuyển hóa một quyền lợi luật định thành lợi thế thanh khoản.